2003-2001
דגשים על אוכלוסיות ייחודיות
בתקופה זו התמקד הארגון בבחינת צרכים וטיפול מתוגבר באוכלוסיות ייחודיות בשב"ס:
אסירי חבר העמים, אסירים השפוטים על אלימות במשפחה, עברייני מין, נשים, נוער ועוד. אחת התוצאות: אגפי הנוער בכלא השרון הופכים לכלא עצמאי לנוער בשם "אופק". במקביל- נבנה מתקן חדש לאופק (מאוכלס בשנת 2004 ).
ייעודו של מתקן זה מתן מענה לצרכים הייחודיים של הנוער
והגברת ההשקעה הטיפולית באוכלוסייה זו.
הגדרת הכלא כעצמאי מוכיחה עצמה ומובילה לירידה חדה באירועים השליליים
והאלימות בקרב הנוער בכלא.

מאורעות מדיניים ופוליטיים יוצרים משימות חדשות לארגון
מאורעות אלה מביאים להחלטות ממשלה המשפיעות על פעילות הארגון.
שב"ס מוסיף ליעדיו הקלאסיים את צווי השעה:
מתן מענה לאוכלוסיות שונות נוספות,
אחזקת אסירים ביטחוניים, זרים לגירוש ושוהים בלתי חוקיים.

ב- 2003 נפתחים בתי כלא חדשים:

מופרט מתקן כליאה ראשון -מתקן למשמורת זרים במלון "רנסנס" בנצרת.   ( שבסיום השימוש במתקן , כשנה לאחר פתיחתו , הוחלט על סגירתו )
כלא דקל בגוש דרום - מתקן כליאה חדש לאסירים פלילים,
מיועד לאסירים בוגרים וחלקו האחר – מהווה את כלא הנוער "אופק".

בשנת 2004 נפתחים מספר בתי כלא נוספים לסיכול התופעה לסיכול      התופעה של האסירים הלנים על הרצפה  :

במרכז הארץ – כלא גבעון  לאוכלוסיית האסירים הפליליים כלא רימונים שבאזור השרון לאוכלוסיית אסירים מגוונת , לרבות שפוטים, עצורים וטעוני הגנה .       
כלא אופק לנערים החל  לפעול במתכונת מלאה .  
כלא גלבוע הצמוד לבית כלא שטה באזור בית שאן, המיועד בכולו לטיפול באוכלוסיית האסירים הביטחוניים. מרבית האסירים הביטחוניים הם מחבלים עם דם על הידיים – חלקם אף שפוטים לעשרות מאסרי עולם מצטברים לאחר שביצעו והנהיגו אירועי טרור בהם נרצחו מאות אזרחים וחיילים.

שנת 2005 –  שב"ס הופכת לרשות כליאה לאומית בלעדית במדינת ישראל.

היעד אותו הציב נציב בתי הסוהר לארגון כולו – הפיכת שב"ס לרשות כליאה לאומית , התווה את הדרך לפעילות נמרצת של כלל השרות בהתארגנות מול צה"ל והמשטרה לקבלת מתקני כליאה לרשות שב"ס .

מתקן הכליאה מגידו הועבר לידי שב"ס ב- 15 בפברואר 2005 ומיד עם קבלתו החלה עבודת בינוי לשיפור תנאי הכליאה ולחידוש המתקן לצרכי הכליאה בשנות ה- 2000. המתקן עבר ממחנות אוהלים למבני בטון בכלא כספות .

מתקן נוסף שהועבר לידי שב"ס, הפעם ממשטרת ישראל, הינו בית המעצר קישון ,הממוקם בצומת ג'למה ומיועד לעצורי ימים, ושפוטים הממתינים למשפט בצפון הארץ, כולל אגף לנוער ואגף לנשים.

שנת 2006- הוגדרה כשנת מימוש היעד

בתחילת השנה  קלט שירות בתי הסוהר את מתקן הכליאה קציעות שבדרום מידי צה"ל והגדיל בלמעלה מ- 2000 את  מספר הכלואים הביטחוניים . בימים אלו מתגבשות עבודות מטה שונות להעברת מתקני כליאה נוספים מצה"ל והמשטרה לשב"ס. נוספים עוד אגפי עצורים בכלא ניצן, בכלא דקל ובנפחא החל אכלוסו של כלא רמון. נפתח מרכז להמתנת משפחות במתחמים אשל ונפחא מתקן מבקרים במכלול ב"ש ואשל.

תנופת בנייה בעקבות ריבוי האסירים:
מרחיבים בתי סוהר קיימים כדוגמת איילון, רמון
אוכלוסיית שב"ס גדלה כוללת מעל ל- 21,000 אסירים,
מספר אנשי הסגל מעל ל- 6,500.
גם מחלקת עבודות שירות גדלה ומעסיקה כ- 2,000 עובדי שירות.
 

הקמת יחידת ליווי מיוחדת לאסירים ביטחוניים
יחידה זו מובילה אסירים מבתי כלא אחד לשני
ומבתי הכלא לבתי המשפט הצבאיים והאזרחיים.
כמו כן נוסדת "מצדה" - יחידת התערבות שתפקידה
לטפל באירועים חריגים בבתי הכלא השונים.