1) ייעוד - תכנון, ניהול, הפעלה ובקרה של המערך הרפואי בשירות, על מנת לספק הצרכים הרפואיים של האסירים וסגל הסוהרים.

2) תפקידים
   א) תכנון צרכי הרפואה, כחלק מהתכנון הכולל של צרכי השירות.
   ב) הכנת תוכניות העבודה השנתיות והרב שנתיות בתחום הרפואה, הצעות למסגרות התקציביות ויישומן.
   ג) הנחייתם המקצועית של מפקדים, הסגל הרפואי וסגל הסוהרים.
   ד) שמירה והבטחת בריאות האסירים הנתונים למשמורת השירות.
   ה) הבטחת איכות החיים והתנאים התברואתיים והסביבתיים במתקני השירות.
   ו) אבחון וטיפול בחולים ומחלות קיימות ומתפתחות בתנאי מאסר.
   ז) גיבוש שיטות עבודה, נהלים ומערכות בקרה ודיווח, בכוונה לצמצם עלויות ולשפר איכות השירות הרפואי הניתן לאסירים ולסגל
      הסוהרים.
   ח) רכישת ציוד רפואי ואספקתו לבתי הסוהר.
   ט) הפעלת בית מרקחת ארצי ואספקת תרופות לבתי הסוהר.
   י) אחריות מקצועית להפעלת מערך טיפול רפואי-נרקולוגי באסירים מכורים לסמים ואלכוהול בבתי סוהר.

3) מבנה המחלקה כוללת נוסף על ראש המחלקה גם את היחידות ובעלי התפקידים הבאים הכפופים לו:

   מר"ש במסגרת מג"ן (כפיפות מקצועית בלבד).
   ענף רפואת שיניים.
   ענף רפואה כללית וסגל.
   ענף נרקולוגיה.
   קצין חובשים ראשי.
   קצין תברואה ורפואה מונעת.
   רוקח ראשי.

4) כפיפות
    למינהל טיפול ושיקום האסיר.