1) השר הוא השר הממונה מטעם הממשלה על השירות.

2) הנציב מתמנה לתפקידו ע"י הממשלה בהמלצת השר.

3) הנציב הוא הדרג הפיקודי העליון בשירות.

4) הנציב נתון למרות הממשלה וכפוף לשר כדלקמן:

   א) השר ינחה את הנציב בכל הקשור למדיניות השירות שלה השלכות מדיניוֹת.

   ב) הנציב יקבע את מדיניות השירות וינהל את השירות במישורים המבצעיים, הפיקודיים והמינהליים בפיקוח השר והמשרד.
      הנציב ידווח לשר על החלטותיו ופעולותיו במישורים אלו.

   ג) השירות יספק לשר נתונים מעודכנים הנדרשים לצורך הפיקוח על פעולות השירות.

5) למרות האמור בסעיף 4 ב) לעיל, יפעל השר במישורים שבטיפול הנציב בכל אחד מן הנושאים שלהלן:

   א) תקציב

      תכנון התקציב השנתי של השירות ופירסומו יתבצעו על בסיס עבודת מטה משותפת של המשרד והשירות.

   ב) שכר הסוהרים

      שכר הסוהרים והגימלאים יהא בהתאם להחלטות הממשלה.

   ג) פיקוח על מערך הכליאה

      (1) השירות יקבע בתיאום עם המשרד את סך כל מקומות הכליאה וסך כל שטחי הכליאה.

      (2) השירות יהיה רשאי לפי שיקול דעתו להכניס שינויים במערך הכליאה ובלבד שלא יגרע מסך מקומות ושטחי הכליאה.

   ד) ביקורת

      השר יבקר ויפקח על פעילות השירות באמצעות:

      (1) ביקורים ביחידות השירות.

      (2) ביקורת ע"י מבקר המשרד ויחידות נוספות במשרד שיקבע השר.

      (3) מבקרים רישמיים שממנה השר.

   ה) תכנון שנתי ורב שנתי

   תוכניות עבודה שנתיות ורב שנתיות של השירות טעונות אישור השר.

   ו) פניות ציבור ותלונות

      (1) מבקר המשרד יטפל בפניות ותלונות הציבור כלפי השירות.

      (2) השירות יסייע למבקר ויעמיד לרשותו נתונים, מסמכים ומידע הנדרשים לו לצורך הטיפול  בפניות ובתלונות.

   ז) תקשורת

   קצינים מדרגת תת - גונדר ומעלה לא יתראיינו באמצעי התקשורת - למעט בתגובה לארועים שוטפים - אלא באישור מראש מאת 
   השר.

   ח) פתיחת ושינויי תקני כח אדם

      (1) השירות רשאי לבצע שינויי תקינה בדרגות בד"א וקצונה עד דרגת תקן כלאי (כולל) בכפוף לכללים כדלקמן:

         (א) השינוי הוא במסגרת התקנה התקציבית המאושרת.

         (ב) השינוי הוא במסגרת מכסת הדרגות שנקבעה ע"י המשרד.

         (ג) השינוי אינו מצריך המרת משרה ממגזר למגזר.

         (ד) כל שינוי תקינה אחר בדרגות בד"א וקצונה עד דרגת תקן כלאי (כולל) יועבר לאישור המשרד.

      (2) שינויי תקינה בדרגות קצונה המפורטים מטה, כפופים לאישור מנכ"ל המשרד:

         (א) פתיחת תקן למשרה חדשה בדרגת תקן רב כלאי ומעלה.

         (ב) המרת תקן למשרה חדשה בדרגת תקן רב כלאי ומעלה על חשבון המרה של תקן שלא בדרגה זהה.

         (ג) פתיחת תקן למשרת קצונה חדשה תוך המרה ממגזר למגזר.

         (ד) העלאת רמת משרה בסולם הדרגות מדרגת תקן כלאי ומעלה.

         (ה) שינוי משמעותי באופי משימה, היקפה או בתחומי האחריות.

         (ו) שינוי ביחידות מקבילות המחייב התאמה והשוואה.

         (ז) הקמת יחידות חדשות.

      (3) השירות רשאי לבצע שינויי תקינה בדרגת תקן רב כלאי, בכפוף לדיווח למנכ"ל המשרד,במקרים כדלקמן:

         (א) שינויים שלא צויינו בסעיף (2) לעיל.

         (ב) שינויים אירגוניים שאינם כרוכים בשינוי דרגות תקן קצונה.

         (ג) הורדת מעמד משרה.

         (ד) שינוי כפיפות משרה.

         (ה) המרת משרה בדרגת כלאי ומעלה ובלבד שאם תוחזר המשרה המתבטלת , תהא ההחזרה ע"ח
            משרה אחרת בדרגה זהה.

   ט) סיוע לגורמים מחו"ל

   סיוע של השירות לגורמים מחו"ל, למעט במסגרת שיתוף פעולה מבצעי, לא יינתן אלא באישור השר.

   י) השתלמויות וביקורים מקצועיים בחו"ל

      (1) השירות יגבש מידי שנה תוכנית משלחות לחו"ל שתכלול:

         מטרות כל נסיעה, יעדיה, תאריכים משוערים ורשימת סוהרים משתתפים.

      (2) התוכנית תאושר ע"י הנציב ותועבר למשרד.

      (3) יציאת סוהר בתפקיד לחו"ל תהא בהתאם לתוכנית המאושרת.

      (4) כל משלחת תכין דו"ח מקצועי מסכם.

      (5) עותק הדו"ח המסכם יועבר גם למשרד.

   יא) ביקורי אורחים מחו"ל

   השירות יידע מראש את המשרד בפרטי ביקור אורח מחו"ל בשירות, כדי לאפשר למשרד לשקול  השתלבותו בביקור.

   יב) ביקור ח"כ בבית סוהר

   כניסת חבר כנסת לבית סוהר לשם ביקור במתקן הכליאה או לשם פגישה אישית עם אסיר מחייבת יידוע
   השר לבטחון פנים באמצעות לשכתו.
   האישור לביקור יינתן ע"י נציב בתי הסוהר תוך שקילת האיזונים שבין הצורך לאפשר לחבר הכנסת למלא את תפקידו,
   לבין קיום אורח החיים והמשמעת בבית הסוהר, ובשים לב לעיקרון השיוויון.

   יג) כל ענין אחר בו מוקנית לשר סמכות על פי דין לפעול במסגרת השירות.