במסגרת המחלקות מופעלות הפעילויות הטיפוליות הבאות: ‏
 ‏
א. טיפול קבוצתי על פי גישה דינמית וקוגניטיבית - התנהגותית: קבוצות למתחילים, למתקדמים, קבוצות להעשרה,
    לתקשורת, לטיפול משפחתי וזוגי, פעילות N.A (נרקומנים אנונימיים ) ו - 12 הצעדים, למניעת שימוש חוזר. ‏

ב. טיפול משפחתי הכולל פגישות משולשות: מטפל, מטופל ובני משפחה, סדנאות משפחתיות המשמשות ליצירת אמון
    וחידוש הקשר בין המטופל לבני משפחתו, כשלב התורם לקליטתו המוצלחת במשפחה ובקהילה עם שחרורו ממאסר. ‏

ג. פעילות חינוך הכוללת חינוך פורמאלי ובלתי פורמאלי, הפעלת כיתות לימוד, סדנאות וחוגים במגוון נושאים ותחומים. ‏

ד. מדריכי נגמלים- שב"ס בשיתוף הרשות למלחמה בסמים מכשיר ומעסיק מדריכי נגמלים כחלק מהצוות הרב - מקצועי
    במסגרות הגמילה. מדריכי הנגמלים הינם נרקומנים לשעבר והשתלבותם בצוות המטפלים תורמת להעמקת מודל הקהילה
    הטיפולית בתוך המחלקה. ‏

ה. ניהול חיי קהילה במחלקה - בכל מחלקה טיפולית נבחרים מקרב המטופלים מזכיר מחלקה וועד ובעלי תפקידים נוספים
    המשתתפים בניהול המחלקה.
    אחת לשבוע מתקיימת ישיבה של הדיירים עם צוות המטפלים ובמסגרתה דנים בנושאים אקטואליים הקשורים לחיי היומיום.
    פעמיים בשבוע מתקיימת ישיבת דיירים . ‏
‏
בשב"ס מופעלים 4 מג"שים: ‏

מג"ש נגב -פועלת בבית סוהר "אשל" בדרום הארץ, משנת 1986. ‏

מג"ש נשים בכלא נוה תרצה - המחלקה הטיפולית לנשים נפגעות סמים הוקמה בשנת 1995 והינה התוכנית היחידה הקיימת לגמילת אסירות מסמים. ‏

מג"ש אשמורת - מחלקת הגמילה מיועדת לאסירים טעוני הגנה. ‏

מג"ש צלמון - המחלקה לגמילה בכלא צלמון מופעלת משנת 1997